Podpisy genów stromalnych w chłoniakach wielkokomórkowych ad

Sygnatura proliferacji była związana ze złym rokowaniem i obejmowała MYC i jego geny docelowe. Sygnatura głównego kompleksu zgodności tkankowej (MHC) klasy II została wyciszona w komórkach nowotworowych w podgrupie pacjentów z rozlanym chłoniakiem z dużych limfocytów B; zdarzenie to wiązało się z mniejszym przeżyciem.4,12 Czwarta sygnatura prognostyczna, określana jako węzeł chłonny , była związana z korzystnym rokowaniem i zawierała składniki macierzy pozakomórkowej, co sugeruje, że może odzwierciedlać naturę mikrośrodowiska guza. Te sygnatury przewidywały przeżycie w statystycznie niezależny sposób, wskazując, że wiele zmiennych biologicznych dyktuje odpowiedź na chemioterapię CHOP w rozlanym chłoniaku z dużych limfocytów B. Aby ocenić biologiczną podstawę przeżycia po leczeniu rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B, profilowaliśmy ekspresję genów w próbkach biopsji wstępnej otrzymanych od pacjentów leczonych za pomocą CHOP lub R-CHOP. Użyliśmy tych danych do wyszukiwania sygnatur ekspresji genów różnych aspektów biologii nowotworów, które były związane z przeżyciem.
Metody
Populacje badawcze
Próbki z biopsji guza i dane kliniczne dotyczące wstępnego leczenia uzyskano od 414 pacjentów z nowo zdiagnozowanym rozlanym chłoniakiem z dużych limfocytów B, którzy byli leczeni w 10 instytucjach w Ameryce Północnej i Europie i studiowali zgodnie z protokołem zatwierdzonym przez instytucjonalną komisję przeglądową National Cancer Instytut. Wśród tych pacjentów, grupa szkoleniowa CHOP składała się z 181 pacjentów, wcześniej opisanych, 4, którzy byli leczeni kombinacjami antracyklin, najczęściej CHOP lub podobnymi schematami. Pozostali 233 pacjenci stanowili kohortę R-CHOP, która otrzymała podobną chemioterapię z rytuksymabem. Mediana okresu obserwacji dla kohorty R-CHOP wynosiła 2,1 roku; mediana obserwacji dla osób, które przeżyły, wynosiła 2,8 roku. Zespół ekspertów hematopatologicznych potwierdził rozpoznanie rozlanego chłoniaka z dużych komórek B przy użyciu aktualnych kryteriów Światowej Organizacji Zdrowia. Przeanalizowaliśmy również dane z drugiej kohorty 177 pacjentów, którzy otrzymali CHOP; dane te zostały wcześniej zgłoszone przez Mechanizmy Molekularne w Projekcie Sieci Złośliwych Chłoniaków (MMMLNP) .13
Profilowanie ekspresji genów
Profilowanie ekspresji genów przeprowadzono za pomocą Affymetrix U133 plus mikromacierze 2.0 (dane dostępne na stronie www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi.token=rhojvaiwkcsaihq&acc=GSE10846, numer dostępu GSE10846). Zawiesiny komórek z trzech próbek biopsyjnych rozdzielono za pomocą cytometrii przepływowej na złośliwą populację CD19 + i subpopulację nienowotworową CD19. Profilowanie ekspresji genów przeprowadzono po dwóch rundach liniowej amplifikacji z całkowitego RNA.14 Po normalizacji do medianowego sygnału 500, dostarczonego w oprogramowaniu Affymetrix Microarray Suite, wersja 5.0 (MAS5.0), wybraliśmy geny, które miały wartość sygnału więcej niż 128 w frakcjach CD19 + lub CD19- w co najmniej dwóch posortowanych próbkach. Szczegółowe metody statystyczne i eksperymentalne zostały opisane w Dodatkowym Dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org.
Analiza statystyczna
Wszystkie aspekty identyfikacji sygnatur ekspresji genów i opracowania modelu przeżycia opierały się wyłącznie na danych z grupy szkoleniowej CHOP i zostały szczegółowo opisane w Uzupełniającym Dodatku
[hasła pokrewne: przychodnia aksamitna rejestracja, przychodnia terapii uzależnienia od alkoholu i współuzależnienia, indeks barthel ]