Podpisy genów stromalnych w chłoniakach wielkokomórkowych ad 5

Komórkowa pochodna prognozowanych ekspresji genów w chłoniaku rozlanym z dużych komórek B. Panel A pokazuje względną ekspresję genu sygnatur komórek B zrębu-1, zrębu-2 i zarodkowego-centrum w podtypach CD19 + złośliwych i niezłośliwych pod względem CD19 komórek izolowanych z trzech próbek biopsyjnych od pacjentów z rozlanym chłoniakiem z dużych limfocytów B (DLBCL). Geny sygnatur sygnowanych przez Stromal-1 i zrębowy-2 ulegały silniejszej ekspresji w komórkach niezłośliwych, podczas gdy geny sygnatur zarodkowej komórki B były silniej eksprymowane w komórkach złośliwych. Stosunki log2 poziomów ekspresji genu w subpopulacji CD19 do subpopulacji CD19 + przedstawiono na podstawie pokazanej skali kolorów. Panel B pokazuje zależność sygnatury zrębu-1 od sygnatur ekspresji genów pochodzących od normalnych komórek. Analiza wzbogacania w geny ustaliła związek pomiędzy dwiema sygnaturami, które ulegają ekspresji w komórkach i tkankach pochodzenia mezenchymalnego (normalne sygnatury mezenchymu-1 i mezenchymu-2) i sygnaturą monocytów, która jest wyrażana silniej w prawidłowych monocytach krwi niż w komórkach B , Limfocyty T i komórki naturalnych zabójców. Nie zaobserwowano związku pomiędzy sygnaturą zrębu-1 i sygnaturą pan-T-komórkową, która jest bardziej eksprymowana w komórkach T niż w komórkach B, komórkach NK i monocytach. Względne poziomy ekspresji genów w każdej próbce przedstawiono na podstawie pokazanej skali kolorów. R-CHOP oznacza rytuksymab plus chemioterapię skojarzoną z cyklofosfamidem, doksorubicyną, winkrystyną i prednizonem. Figura 3. Figura 3. Ekspresja genów podpisu Stromal-1 i Stromal-2 w próbkach biopsyjnych od pacjentów z rozlanym chłoniakiem z dużych limfocytów B. Względne poziomy ekspresji genów w każdej próbce przedstawiono na podstawie pokazanej skali kolorów, przy czym każdy rząd reprezentuje inny gen sygnatury, a każda kolumna reprezentuje inną próbkę z biopsji. Dla każdego pacjenta pokazano średnie wartości stromal-1 i stromal-2. Wynik zrębu jest składnikiem wielowymiarowego modelu przeżycia, spowodowanego różnicą między średnią zrębu zrębowego-2 i zrębu-1. Próbki uszeregowano w obrębie każdego podtypu rozlanego chłoniaka z dużych komórek B, zgodnie z oceną wskaźnika przeżycia, która została wygenerowana przez model przeżycia i zawiera zarówno wynik zrębu, jak i sygnaturę komórek B zarodkowego-centrum (nie pokazano). Pokazano reprezentatywne geny sygnatur. R-CHOP oznacza rytuksymab plus chemioterapię skojarzoną z cyklofosfamidem, doksorubicyną, winkrystyną i prednizonem.
Aby ocenić, czy sygnatury ekspresji genów w naszym modelu przeżycia pochodzą ze złośliwych komórek chłoniaka lub z mikrośrodowiska gospodarza, oddzieliliśmy komórki CD19 + złośliwe od komórek niezłośliwych CD19 w trzech próbkach biopsji rozlanego chłoniaka z dużych komórek B za pomocą sortowanie przepływu. Zgodnie z oczekiwaniami, geny odpowiedzialne za znakowanie komórek B zarodka były bardziej eksprymowane w złośliwej niż w niezłośliwej frakcji (Figura 2A). Natomiast geny sygnatur zrębowych stromalu-1 i zrębu-2 ulegały silniejszej ekspresji w frakcji niezłośliwej. Ponieważ te dwie sygnatury były synergistyczne w przewidywaniu przeżycia, połączyliśmy je w wynik zrębu (ryc. 3), którego wysokie wartości były związane z niekorzystnymi wynikami
[więcej w: kaukulator bmi, okulary do czytania i komputera, methocel ]